Choroby błony śluzowej jamy ustnej mogą mieć podłoże endokrynologiczne, immunologiczne, metaboliczne albo zakaźne lub stanowić komponentę kilku z nich. W takiej sytuacji konieczne jest dokładne przeanalizowanie stanu ogólnego pacjenta, wykonanie dodatkowych badań i testów laboratoryjnych, oraz niejednokrotnie zasięgnięcie opinii i współpraca ze specjalistami innych dziedzin, poza stomatologią.

Diagnoza postawiona na podstawie zebranej dokumentacji medycznej pozwala podjąć leczenie m.in. takich jednostek chorobowych jak:

• zapalenie tylnej (gardłowej) części jamy ustnej (dawniej nazywane przewlekłym zapaleniem dziąseł i jamy ustnej kotów)
• wrzodziejące zapalenie jamy ustnej
• młodzieńcze zapalenie dziąseł u kotów
• ziarniniak eozynofilowy jamy ustnej

a także zmian w przebiegu:

• chorób zakaźnych kotów
• mocznicy
• cukrzycy
• chorób autoimmunologicznych takich jak toczeń i pęcherzyca

Ponieważ większość z tych chorób wymaga bardzo rygorystycznego i długiego leczenia, ważna jest współpraca właściciela, stomatologa i internisty, najlepiej takiego, który zna zwierzę.